在东京西部的魔法目录学园都市中，总人口达230万，禁书其中约8成是魔法目录学生。这座高度发达的禁书城市不仅实施着超能力开发课程，还设有六级评价体系：从无能力Level 0到超能力Level 5。魔法目录高中生上条当麻便是禁书一位Level 0，因为其右手掌握的魔法目录“幻想杀手Imagine Breaker”而备受困扰。直到暑假开始时，禁书一名纯白修女——茵蒂克丝的魔法目录到来改变了他平淡的生活。上条与茵蒂克丝相遇后，禁书不仅面对着科学方学园都市的魔法目录各种挑战，还卷入了魔法方罗马正教的禁书纷争之中。在解决事件的魔法目录过程中，上条的禁书人际关系逐步扩展，结识了许多英雄和同伴。魔法目录这些人物在对抗世界对立力量时展现了各自的英雄本色。随着科学与魔法第三次交织，故事将迎来新的高潮。《魔法禁书目录3》不仅讲述上条当麻的成长之旅，更描绘了一个复杂多元的世界，在这个充满危险与机遇的舞台上，每一位角色都在奋力书写属于自己的命运篇章。